На 1 октомври 1888 г., първоначално като Висш педагогически курс към Първа мъжка гимназия, е основан Софийският университет "Св. Климент Охридски" - най-старото висше училище в България. За негов първи ректор е избран акад. Александър Теодоров-Балан.

От 1901 г. Висшето училище започва да приема за студенти и девойки, а през 1904 г. е преименувано на университет. През 1907 г., след като група студенти организира демонстрация срещу княз Фердинанд I, университетът е затворен за 6 месеца, всички професори, доценти и лектори са уволнени, а министърът на просвещението проф. Иван Шишманов подава оставка в знак на протест.

Сградите на Ректората и университетската библиотека са открити и тържествено осветени на 16 декември 1934 г., след строеж, продължил над 10 години, финансиран с дарение на братята Евлоги и Христо Георгиеви. През 1935 г. университетът започва да носи и името на своя патрон. Впоследствие основното здание е разширено с две крила (Северно и Южно), а към днешна дата висшето училище се помещава в още над 10 сгради.

Понастоящем Софийският университет има 16 факултета със 119 специалности.